| Find Me Falling (2024) als John |
| Remembering Gene Wilder (2024) als Self |
| Annie Live! (2021) als Oliver "Daddy" Warbucks |
| Fear of Rain (2021) als John Burroughs |
| Royal Variety Performance 2019 (2019) als Performer |
| The Giant's Dream: The Making of the Iron Giant (2016) |
| Sinatra 100: An All-Star Grammy Concert (2015) als Self |
| Dolphin Tale 2 (2014) als Dr. Clay Haskett |
| Piaf, Hymnes à la Môme au Beacon Theatre, New York (2013) als Self |
| Angels Sing (2013) als Michael Walker |
| Bayou Maharajah: The Tragic Genius of James Booker (2013) als Self |
| Dolphin Tale (2011) als Dr. Clay Haskett |
| Harry Connick Jr.: In Concert on Broadway (2011) |
| New in Town (2009) als Ted Mitchell |
| Living Proof (2008) als Dr. Dennis Slamon |
| P.S. I Love You (2007) als Daniel |
| George Jones & Friends 50th Anniversary Tribute Concert (2007) |
| Bug (2006) als Jerry Goss |
| The Happy Elf (2005) als Lil' Farley |
| Harry Connick, Jr and Branford Marsalis : A Duo Occasion (2005) als Himself |
| A Concert for Hurricane Relief (2005) als Self |
| Apollo at 70: A Hot Night in Harlem (2004) als Himself |
| The World of Nat King Cole (2004) als Self |
| Mickey (2004) als Glen |
| Harry Connick Jr.: Only You In Concert (2004) |
| Harry Connick, Jr.: Harry For The Holidays (2003) als himself |
| Basic (2003) als Dr. Peter Vilmer |
| The Marsalis Family: A Jazz Celebration (2003) |
| Life Without Dick (2002) als Daniel Gallagher |
| The Simian Line (2001) als Rick |
| Pistol Pete: The Life and Times of Pete Maravich (2001) als Narrator |
| South Pacific (2001) als Lt. Joseph Cable |
| The Making of 'The Iron Giant' (2000) als Himself |
| My Dog Skip (2000) als Narrator |
| Wayward Son (1999) als Jesse Banks Rhodes |
| The Iron Giant (1999) als Dean McCoppin (voice) |
| The Worlds of Harry Connick Jr. (1999) als Self |
| Hope Floats (1998) als Justin Matisse |
| Excess Baggage (1997) als Greg |
| Rock-A-Big Baby (1997) als Big Baby |
| Independence Day: The ID4 Invasion (1996) als Self |
| The Making of 'Independence Day' (1996) als Self |
| Independence Day (1996) als Capt. Jimmy Wilder |
| Copycat (1995) als Daryll Lee Cullum |
| Peter Allen: The Boy From Oz (1995) als Self |
| The Harry Connick, Jr. Christmas Special (1993) als himself |
| Harry Connick, Jr.: The New York Big Band Concert (1993) als Himself |
| Little Man Tate (1991) als Eddie |
| Simply Mad About the Mouse (1991) als Self |
| Harry Connick, Jr.: Singin' & Swingin' (1991) als himself |
| The Best of Disney: 50 Years of Magic (1991) |
| Harry Connick, Jr.: Swinging Out Live (1991) als Himself |
| Memphis Belle (1990) als Clay Busby |