 | Wicked Part 2 (2025) als The Wizard |
 | Wicked Part 1 (2024) als The Wizard |
 | They Shot the Piano Player (2023) als Jeff Harris (voice) |
 | Asteroid City (2023) als The Alien |
 | Jurassic Greatest Moments: Jurassic Park to Jurassic World (2022) als Self |
 | Jurassic World Dominion (2022) als Dr. Ian Malcolm |
 | Fiddler's Journey to the Big Screen (2022) als Narrator |
 | Beauty and the Beast: A Comic Relief Pantomime for Christmas (2021) als A Table |
 | The Boss Baby: Family Business (2021) als Dr. Armstrong (voice) |
 | Time Warp Vol. 2: Horror and Sci-Fi (2020) als Self |
 | Time Warp Vol. 1: Midnight Madness (2020) als Self |
 | #NoJoke (2019) als Self |
 | The Mountain (2019) als Dr. Wallace Fiennes |
 | Peanuts in Space: Secrets of Apollo 10 (2019) als Self |
 | Jenny Lewis' On The Line Online (2019) als Self |
 | A Place We Call Reality (2018) als Self (uncredited) |
 | Fallen Kingdom: The Conversation (2018) als Self |
 | Fallen Kingdom: Malcolm's Return (2018) als Self |
 | Hotel Artemis (2018) als Orian "Wolf King" Franklin / Niagara |
 | Jurassic World: Fallen Kingdom (2018) als Dr. Ian Malcolm |
 | Always at The Carlyle (2018) als Self |
 | Seth Rogen's Hilarity for Charity (2018) als Himself |
 | Isle of Dogs (2018) als Duke (voice) |
 | Team Darryl (2018) als En Dwi Gast / Grandmaster |
 | Spielberg (2017) als Self |
 | Thor: Ragnarok (2017) als En Dwi Gast / Grandmaster |
 | Tour de Pharmacy (2017) als Marty Hass Present Day |
 | Guardians of the Galaxy Vol. 2 (2017) als En Dwi Gast / Grandmaster (uncredited) |
| | Miyubi (2017) als The Creator |
 | Stephen Colbert's Live Election Night Democracy's Series Finale (2016) als Self |
 | The War of 1996: A United World News Special (2016) als David Levinson |
 | Independence Day: Resurgence (2016) als David Levinson |
 | Another Day: The Making of 'Independence Day: Resurgence' (2016) als Self |
| | Resurgence: It's Early Albuquerque (2016) als David Levinson |
 | Unity (2015) als Narrator (voice) |
 | Mortdecai (2015) als Milton Krampf |
 | The Making of The Grand Budapest Hotel (2014) als Self / Deputy Kovacs |
 | The Grand Budapest Hotel (2014) als Deputy Vilmos Kovacs |
 | Le Week-End (2013) als Morgan |
 | Zambezia (2012) als Ajax (voice) |
 | Tim and Eric's Billion Dollar Movie (2012) als Chef Goldblum |
 | Return to Jurassic Park (2011) als Self |
 | Morning Glory (2010) als Jerry Barnes |
 | The Switch (2010) als Leonard |
 | Never Sleep Again: The Elm Street Legacy (2010) als Self (archive footage) |
 | Adam Resurrected (2008) als Adam Stein |
 | The Making of 'Fay Grim' or: How Do You Spell Espionage? (2007) als Himself |
 | Man of the Year (2006) als Stewart |
 | Pittsburgh (2006) als Self |
 | Fay Grim (2006) als Agent Fulbright |
 | Mini's First Time (2006) als Mike Rudell |
 | Fear of the Flesh: The Making of The Fly (2005) als Self |
 | This Is an Adventure (2005) als Self |
 | Matthew Gray Gubler's Life Aquatic Intern Journal (2005) als Self |
 | Dallas 362 (2005) als Bob |
 | On the Set: 'The Life Aquatic with Steve Zissou' (2005) als Self / Alistair |
 | Incident at Loch Ness (2004) als Party Guest |
 | The Life Aquatic with Steve Zissou (2004) als Alistair Hennessey |
 | Stories of Lost Souls (2004) als Himself |
 | Hollywood's Creepiest Creatures (2004) als Self |
 | Abby Singer (2003) als Self |
 | Spinning Boris (2003) als George Gorton |
| | Supermarket (2003) als Self |
 | War Stories (2003) als Ben Dansmore |
 | Robbie the Reindeer: Legend of the Lost Tribe (2002) als White Rabbit (voice) |
 | Saturday Night Live: The Best of Will Ferrell (2002) als Dr. Ken Waller (archive footage) |
 | Igby Goes Down (2002) als D.H. Banes |
 | One of the Hollywood Ten (2002) als Herbert Biberman |
 | Run Ronnie Run (2002) als Himself |
 | Buckaroo Banzai Declassified (2002) als Self |
 | Festival in Cannes (2001) als Self (uncredited) |
 | Cats & Dogs (2001) als Professor Brody |
| | Playboy Mansion Parties Uncensored (2001) als Self |
 | Perfume (2001) als Jamie |
 | Chain of Fools (2000) als Avnet |
 | Auggie Rose (2000) als John Nolan |
 | The Prince of Egypt: From Dream to Screen (1999) als Self (archive footage) |
 | From Star Wars to Star Wars: The Story of Industrial Light & Magic (1999) als Self |
 | The Big Chill: A Reunion (1999) als Self |
 | The Prince of Egypt (1998) als Aaron (voice) |
 | Holy Man (1998) als Ricky Hayman |
 | Welcome to Hollywood (1998) als Jeff Goldblum |
 | Roswell Top Secret (1998) als Himself |
 | Hollywood Dreamers (1997) als Self |
 | The Story of Bean (1997) als himself |
 | The Lost World: Jurassic Park (1997) als Ian Malcolm |
 | The Making of 'The Lost World' (1997) als Himself |
 | Mad Dog Time (1996) als Mickey Holliday |
 | Independence Day: The ID4 Invasion (1996) als Himself |
| | The Making of 'Independence Day' (1996) als Himself, host |
 | Independence Day (1996) als David Levinson |
 | The Great White Hype (1996) als Mitchell Kane |
 | Powder (1995) als Donald Ripley |
 | Nine Months (1995) als Sean Fletcher |
 | The Making of 'Jurassic Park' (1995) als Self / Ian Malcolm |
 | Hideaway (1995) als Hatch Harrison |
 | The Real Jurassic Park (1993) als Narrator |
 | Lush Life (1993) als Al gorky |
 | Jurassic Park (1993) als Malcolm |
 | Shooting Elizabeth (1992) als Howard Pigeon |
 | Deep Cover (1992) als David Jason |
 | The Player (1992) als Jeff Goldblum |
 | Robert Altman's Players (1992) als Self |
 | Fathers & Sons (1992) als Max |
 | The Favour, the Watch and the Very Big Fish (1991) als Pianist |
 | Framed (1990) als Wiley |
 | Sing! Sesame Street Remembers Joe Raposo and His Music (1990) als Self |
 | Mister Frost (1990) als Mr. Frost |
 | El sueño del mono loco (1989) als Daniel Gillis |
 | The Fly II (1989) als Seth Brundle (archive footage) (uncredited) |
 | The Tall Guy (1989) als Dexter King |
 | Earth Girls Are Easy (1988) als Mac |
 | Vibes (1988) als Nick Deezy |
 | Life Story (1987) als Jim Watson |
 | Beyond Therapy (1987) als Bruce |
 | The Fly (1986) als Seth Brundle |
 | The Town Where No One Got Off (1986) als Cogswell |
 | Bugs Bunny/Looney Tunes All-Star 50th Anniversary (1986) als Self |
 | Long Live the New Flesh: The Films of David Cronenberg (1986) als Himself (archive footage) |
 | Transylvania 6-5000 (1985) als Jack Harrison |
 | Silverado (1985) als Slick |
 | Into the Night (1985) als Ed Okin |
 | B.B. King: Into the Night (1985) als Self |
 | Terror in the Aisles (1984) als Jack Bellicec (archive footage) (uncredited) |
 | The Adventures of Buckaroo Banzai Across the 8th Dimension (1984) als New Jersey |
| | Ernie Kovacs: Between the Laughter (1984) als Ernie Kovacs |
 | The Right Stuff (1983) als NASA Recruiter |
 | The Big Chill (1983) als Michael Gold |
 | Rehearsal for Murder (1982) als Leo Gibbs |
 | Threshold (1981) als Dr. Aldo Gehring |
 | The Legend of Sleepy Hollow (1980) als Ichabod Crane |
 | Invasion of the Body Snatchers (1978) als Jack Bellicec |
 | Thank God It's Friday (1978) als Toni Di Marco |
 | Remember My Name (1978) als Mr. Lee Nudd |
 | Between the Lines (1977) als Max |
 | Annie Hall (1977) als Lacey Party Guest |
 | The Sentinel (1977) als Jack |
 | Special Delivery (1976) als Snake |
 | St. Ives (1976) als Hood |
 | Next Stop, Greenwich Village (1976) als Clyde Baxter |
 | Nashville (1975) als Tricycle Man |
 | California Split (1974) als Lloyd Harris |
 | Death Wish (1974) als Freak #1 |
| | Untitled Wes Anderson Film |
 | The Liar als Donald Trefusis |
 | The Price of Admission als Alexander Taft |
| | Perfume Executive Producer |
 | Little Surprises Director |