 | Quiz Lady (2023) als Francine's Crush |
 | The Crown with a Shadow (2021) |
 | Gigglefudge USA! (2016) als Himself |
 | Pee-wee's Big Holiday (2016) als Pee-wee Herman |
 | Phineas and Ferb: The O.W.C.A. Files (2015) als Parenthesis (voice) |
 | Robot Chicken DC Comics Special III: Magical Friendship (2015) als The Riddler (voice) |
 | Accidental Love (2015) als Edwin |
 | Above and Beyond (2015) als Himself |
 | LEGO DC Comics Super Heroes: Batman Be-Leaguered (2014) als Bat-Mite (voice) |
 | Robot Chicken DC Comics Special II: Villains in Paradise (2014) als The Riddler / Sunbather (voice) |
 | Scooby-Doo! Mecha Mutt Menace (2013) als Irv (voice) |
 | Tom and Jerry's Giant Adventure (2013) als Screwy Squirrel |
 | The Smurfs 2 (2013) als Jokey Smurf (voice) |
 | The Final Moments of Karl Brant (2013) als Bennett Ferryman |
 | Tales from the Warner Bros. Lot (2013) als Self |
 | Robot Chicken: DC Comics Special (2012) als The Riddler (voice) |
 | The Smurfs (2011) als Jokey Smurf (voice) |
 | WWE WrestleMania XXVII (2011) als Pee-wee Herman (Appearance) |
 | The Pee-wee Herman Show on Broadway (2011) als Pee-wee Herman |
 | Gavin McInnes is a Fucking Asshole (2010) als Pee-Wee Herman (archive footage) |
 | Life During Wartime (2009) als Andy |
 | Reno 911!: Miami (2007) als Sir Terrence |
 | Area 57 (2007) als The Alien |
 | Re-Animated (2006) als Golly Gopher (voice) |
 | The Tripper (2006) als Frank Baker |
 | Teacher's Pet (2004) als Dennis (voice) |
 | Mayor of the Sunset Strip (2003) als Self |
 | Overnight (2003) als Himself |
 | Rugrats: Babies in Toyland (2002) als Hermie the Elf (voice) |
 | The Groovenians (2002) als Jet/The Bubbie |
 | Blow (2001) als Derek Foreal |
 | South of Heaven, West of Hell (2000) als Arvid Henry |
 | Mystery Men (1999) als Spleen |
 | All Star (Smash Mouth) (1999) als Spleen |
 | Doctor Dolittle (1998) als Raccoon (voice) |
 | Beauty and the Beast: The Enchanted Christmas (1997) als Fife (voice) |
 | Buddy (1997) als Professor Spatz |
 | Matilda (1996) als FBI Agent |
 | Dunston Checks In (1996) als Buck LaFarge |
 | The Nightmare Before Christmas (1993) als Lock (voice) |
 | Buffy the Vampire Slayer (1992) als Amilyn |
 | Batman Returns (1992) als Penguin's Father |
 | Pee-wee's Playhouse Christmas Special (1988) als Pee-wee Herman |
 | Moonwalker (1988) als Pee-Wee Herman (voice) |
 | Sesame Street: Put Down the Duckie: An All-Star Musical Special (1988) als Pee-wee Herman |
 | Big Top Pee-wee (1988) als Pee-wee Herman |
 | Back to the Beach (1987) als Pee-Wee Herman |
 | Star Tours (1987) als RX-24 |
 | Flight of the Navigator (1986) als Max (voice) |
 | Pee-wee's Big Adventure (1985) als Pee-wee Herman |
 | Meatballs: Part II (1984) als Albert/Hara Krishna |
 | Pinocchio (1984) als Pinocchio |
 | Cheeseball Presents (1984) |
 | The Paragon of Comedy (1983) als Arnie / Pee-wee Herman |
| | Likely Stories Vol. 2 (1983) |
 | Twilight Theatre (1982) als Pee Wee Herman |
 | Lily for President? (1982) als Pee Wee Herman |
 | Pandemonium (1982) als Johnson |
| | Dream on! (1981) |
 | The Pee-wee Herman Show (1981) als Pee-wee Herman |
 | Nice Dreams (1981) als Howie Hamburger |
 | All Commercials... A Steve Martin Special (1980) als Self |
 | Cheech & Chong's Next Movie (1980) als Pee-Wee Herman / Desk Clerk |
 | The Blues Brothers (1980) als Waiter |
 | Pray TV (1980) als Jack Chudnowski |
 | Steve Martin: Comedy Is Not Pretty (1980) als Cafe Counter Guy |
 | Midnight Madness (1980) als Pinball City Proprietor |
| | School, Girls & You! (1978) als Wally Bile |
 | The Brotherhood (1968) als Wedding Guest (uncredited) |
| | Pee-wee's Big Holiday Writer |
| | Pee-wee's Big Holiday Producer |
| | The Pee-wee Herman Show on Broadway Writer |
| | Pee-wee's Playhouse Christmas Special Director |
| | Pee-wee's Playhouse Christmas Special Executive Producer |
| | Pee-wee's Playhouse Christmas Special Writer |
| | Big Top Pee-wee Producer |
| | Big Top Pee-wee Writer |
| | Pee-wee's Big Adventure Writer |
| | Pee-wee's Big Adventure Set Decoration |
| | The Pee-wee Herman Show Writer |
| | The Pee-wee Herman Show Executive Producer |
| | The Pee-wee Herman Show Stage Director |