 | Joker: Folie à Deux (2024) als Arthur Fleck / Joker |
 | Napoleon (2023) als Napoleon Bonaparte |
 | Beau Is Afraid (2023) als Beau Wassermann |
 | C'mon C'mon (2021) als Johnny |
 | Joker: Put on a Happy Face (2020) als Self |
 | My Darling Vivian (2020) als Self (archive footage) |
 | Guardians of Life (2020) |
 | Joker (2019) als Arthur Fleck / Joker |
 | The Sisters Brothers (2018) als Charlie Sisters |
 | Lou (2018) als Karl |
 | Don't Worry, He Won't Get Far on Foot (2018) als John Callahan |
 | Dominion (2018) als Narrator (voice) |
 | Mary Magdalene (2018) als Jesus |
 | You Were Never Really Here (2017) als Joe |
 | Unity (2015) als Narrator (voice) |
 | Irrational Man (2015) als Abe |
 | Chryskylodon Blues (2015) als Self |
 | Inherent Vice (2014) als Larry "Doc" Sportello |
 | Her: The Untitled Rick Howard Project (2014) als Self |
 | Captivated: The Trials of Pamela Smart (2014) als Jimmy Emmett (archive footage) |
 | Her: Love in the Modern Age (2014) als Self (archive footage) |
 | Her (2013) als Theodore Twombly |
 | The Immigrant (2013) als Bruno Weiss |
 | The Master (2012) als Freddie Quell |
 | I'm Still Here (2010) als Joaquin Phoenix |
 | Two Lovers (2008) als Leonard |
 | We Own the Night (2007) als Robert 'Bobby' Green |
 | Reservation Road (2007) als Ethan Learner |
 | Celebrating the Man in Black: The Making of Walk the Line (2006) als Self |
 | Earthlings (2005) als Narrator (voice) |
 | Walk the Line (2005) als John R. Cash |
 | Strength and Honor: Creating the World of 'Gladiator' (2005) als Self |
 | Deconstructing 'The Village' (2005) als Self |
 | Hotel Rwanda (2004) als Jack Daglish |
 | Ladder 49 (2004) als Jack Morrison |
 | The Village (2004) als Lucius Hunt |
 | Brother Bear (2003) als Kenai (voice) |
 | It's All About Love (2003) als John |
| | Making 'Signs' (2003) als Self / Merrill Hess |
 | Buffalo Soldiers (2002) als Ray Elwood |
 | Signs (2002) als Merrill Hess |
 | Quills (2000) als Abbe du Coulmier |
 | Gladiator Games: The Roman Bloodsport (2000) als Self |
 | Gladiator (2000) als Emperor Commodus |
 | The Yards (2000) als Willie Gutierrez |
 | 8MM (1999) als Max California |
 | Clay Pigeons (1998) als Clay Bidwell |
 | Return to Paradise (1998) als Lewis McBride |
 | U Turn (1997) als Toby N. Tucker |
 | Inventing the Abbotts (1997) als Doug Holt |
 | To Die For (1995) als Jimmy Emmett |
 | Parenthood (1989) als Garry Buckman-Lampkin |
 | Secret Witness (1988) als Drew Blackburn |
 | Russkies (1987) als Danny |
 | SpaceCamp (1986) als Max |
 | Kids Don't Tell (1985) als Frankie |
 | Backwards: The Riddle of Dyslexia (1984) als Robby Ellsworth |
| | The Making of We Own the Night als Self |
 | Polaris |
| | Untitled Todd Haynes Project als Richard Rent |
 | The Island |
 | Eddington als Joe |
| | Napoleon Producer |
 | The End of Medicine Executive Producer |
 | Stutz Producer |
 | Gunda Executive Producer |
 | The Animal People Executive Producer |
 | Across My Land Executive Producer |
 | What the Health Executive Producer |
| | I Am Dying Executive Producer |
| | I'm Still Here Producer |
| | I'm Still Here Writer |
| | We Own the Night Producer |
| | Untitled Todd Haynes Project Story |